1941 übernahm die Wehrmacht das Freibad. Der „Spieß“ der Genesendenkompanie der Pioniere und spätere langjährige Bademeister Gustav Schmidt hatte die Aufsicht. An der Stelle der heutigen Sauna errichtete man eine Wehrmachtsbaracke. 1944 baute Herr Schmidt in der damaligen Kaffee-Gaststätte (später Klubhaus) die erste Sauna, die noch mit Holz beheizt wurde. Sie war bis 1955 in Betrieb.

Arnsberg wurde zunächst von den Amerikanern, dann von den Briten besetzt; das Bad wurde beschlagnahmt. Nach Dienstschluß der Soldaten konnten inoffiziell auch Deutsche das Bad nutzen. Den Briten folgten im April 1945 die Belgier. Sie hielten das Bad besetzt und stellten Herrn Schmidt als Bademeister ein.

Weil das Vereinsleben kriegsbedingt zum Erliegen gekommen war, gründete sich 1951 im Börsengarten ein elfköpfiger Ausschuss zur Neukonstituierung des Kneipp-Vereins. Dem Ausschuss gehörten u.a. die Herren Schroeter, Stadtdirektor Dr. Herbold und Bademeister Schmidt an.

Nachdem das belgische Militär das Storchennest-Freibad am 15. Mai 1953 freigegeben hatte, übergab die Stadtverwaltung die Anlage an den Verein. Die Mitglieder gingen sofort an die Arbeit und konnten das Bad mit Unterstützung des Freibad-Fördervereins am 10. Juli 1953 wiedereröffnen. 1958 wurde die Gemeinnützigkeit des Vereins anerkannt.